Taxinomie:

Embranchement	->	Phanérogames (plantes à graines)
Sous-embranchement	->	Angiospermes (plantes à fleurs)
Classe	->	Dicotylédones (deux cotylédons par plant)
Ordre	->	Urticales (orme, mûrier, ortie)
Famille	->	Cannabinacées (houblon, cannabis)
Genre	->	Cannabis

Deux théories ont été élaborée sur la taxinomie du cannabis concernant ses espèces.

Traditionnellement, en botanique comme en pharmacologie, le cannabis a été considéré comme un genre recouvrant une seule espèce : Cannabis-sativa. Celui ci décliné en variétés géographiques et morphologiques distinctes comme Cannabis mexicana, Cannabis americana (gigantea) et Cannabis indica.

Ernest Small divise Cannabis sativa en deux sous-espèces : les types "fibreux" (pauvres en THC) et "stupéfiants" (riche en THC). Ses récents travaux sur la morphologie de l'akène (graine unique non soudée au péricarpe) ont démontrés qu'au sein de ces sous-espèces on peut encore distinguer un stade sauvage et un stade domestiqué (cultivé).

De leur côté, Richard Shultes et ses collègues ont rejeté cette conception d'une espèce unique au profit de la théorie des trois espèces élaborée par les phyto-généticiens russes des années vingt et trente : Cannabis sativa, Cannabis indica et Cannabis ruderalis. Les recherches de Shultes ont mis en évidence des différences entre ces trois espèces au niveau de l'anatomie du bois, du type de feuille et de graine, des processus de croissance, ainsi que de la teneur en cannabinoïdes, huiles essentielles et diverses autres classes de composés secondaires.

Le tableau ci-dessous, résumant les conclusions de Schultes, accompagnaient un article intitulé "Un cas de négligence taxinomique", publié en 1974 dans une brochure du Musée botanique de l'université de Harvard (Massachusetts):

• 1.  Plante généralement grande (1.5m à 5.5m), peu fournie; akènes (fruits ne contenant qu'une graine qui ne s'ouvre pas à maturité) lisses, généralement sans motif marbré à l'extérieur, fermement attachés à la tige et sans articulation marquée.
  Cannabis sativa

• 1.a  Plante généralement petite (1.25m ou moins), fournie; akènes contenant des graines généralement très marbrées sur la couche extérieure, avec une tige, qui se détachent à la maturité.
• 2.  Plante très fournie, plus ou moins conique, généralement de 1.25m de hauteur maximum, la tige se réduisant à une simple articulation à la base de l'akène.
  Cannabis indica

• 2.a  Plante très peu voire non branchue, généralement de 30 à 60 cm de hauteur à la maturité. La tige forme une grosseur charnue à la base des fleurs.
  Cannabis ruderalis

C'est à la suite de nombreux croisements stabilisés de ces variétés originelles que les plus grandes banques de graines aujourd'hui peuvent nous proposer de multiples variétés hybrides aux propriétés diverses.
De facon simple on peut remarquer la dominance de telle ou telle variété mais uniquement la dominance car il est très difficile de dire de quelle variété est issue une plante compte tenu des nombreux croisement qu'elle a pu rencontrer dans ses antécédents génétiques. De même, il est impossible de dire le type de variété à la seule vue de la graine. On pourra donc en voyant une plante dire qu'elle a une dominante sativa ou indica sans pouvoir donner plus de détails.